Николай Яхонтов родился около 1874 года. Окончил духовную семинарию. С 1896 по 1902 годы служил священником в городе Ковно Литовской епархии. Переведен в город Козянск Городецкого уезда Витебской губернии. Во время служения в Козянском приходе построил церковно-приходскую школу, создал Общество трезвости с Уставом, утвержденным архиереем и приходское попечительство. В одном из писем вспоминал служение в приходе: «Будь я здоров — ни за что не оставил бы прихода, где чувствовал себя поистине служителем Божиим, духовным руководителем народа! А приход, — какое это обширное поле для самостоятельной деятельности пастыря?! Благодарение Господу, есть на этом поле и моя бороздка, орошенная трудовым потом... Молю Бога дать мне прежнюю силу и энергию, чтобы с пользою трудиться на новом поприще моего служения. Сижу сейчас за столом, строчу это письмо, а мыслями невольно переношусь в свой прежний приход, пред моими глазами стоит и храм...и дом, и мужички мои... с укором смотрят на меня, за что я оставил их».
С 1903 года — священник 48-го драгунского Украинского полка. В этом году полк стоял в городе Серпеце Плоцкой губернии (Польша). Из письма о. Николая: «Сегодня у нас в Серпеце происходило великое церковное торжество: после заупокойной литургии крестный ход в преднесении креста, хоругвей и икон с пением Пасхального канона, направился от полковой церкви по улицам нашего богоспасаемого городка к кладбищу для того, чтобы почтить память усопших братьев наших по вере и приветствовать их с радостью о воскресшем Христе, победителе смерти. Погода благоприятствовала ходу. Певчие славно пели, чередуясь с хором трубачей, игравших "Коль славен", солдатики стояли по обоим сторонам пути и вместе с офицерами, примыкали к шествию. Неизвестно откуда набралась огромная толпа народа. Кроме военных, участвовали в ходу и чиновники городской администрации. На гарнизонном кладбище была отслужена общая панихида, после чего крестным ходом в прежнем порядке вернулись обратно в церковь... Оказалось, что здесь раньше крестных ходов не устраивалось вовсе. А напрасно: большинство солдатиков из русских губерний, где на Радоницу, после Литургии, совершались крестные ходы на кладбище, и их родные традиции следует, по моему мнению, поддерживать. Солдатики были рады ходу, многие из офицеров высказывали мне свое удовольствие по поводу устройства хода на кладбище».
В 1907 — 1910 годах служил в 227-м пехотном Балашском резервном полку, с 1910 по 1917 год — в 194-м пехотном Троицко-Сергиевском полку. В 1916 году назначен благочинным 49-й пехотной дивизии. Всю Первую мировую войну провел на позициях. По воспоминаниям современников, был хорошим проповедником и оратором, постоянно писал свои заметки в журнале «Вестник».
В 1918 году возведен в сан протоиерея. Настоятель пермского Сергиевского храма (бывшей полковой церкви Троице-Сергиевского полка).
После жестоких пыток и издевательств утоплен в р. Каме в ночь на 17 декабря 1918 года вместе со связанным с ним протоиереем о. Иоанном Пьянковым.